با وجود تلاش جهانی طرفداران محیط زیست برای حمایت از اکوسیستم های دریایی، به نظر می رسد که دانشمندان اطلاعات زیادی برای نحوه ایجاد و عملکرد مناطق حفاظت شده ندارند.

برای مقابله با طیف وسیعی از تهدیدات زیست‌محیطی دریایی از جمله ماهیگیری افراطی و تخریب تپه‌های مرجانی، طرفداران حفاظت از محیط‌زیست توجه خود را بیشتر به نواحی حفاظت شده دریایی که به اختصار ام.پی.ای خوانده می‌شوند، معطوف کرده‌اند. بیش از 5 هزار منطقه ام.پی.ای وجود دارد که ماهیگیری در آنها، برای محدود کردن اثرات آن بر تنوع زیستی، تحت کنترل قرار دارد. مناطقی که اغلب در نواحی ساحلی قرار دارند. این مناطق از نظر اندازه، طیف وسیعی دارند و از 10 هزار مترمربع تا 400 هزار مترمربع پهنا دارند.
به گزارش نیچر، با وجود تمایل شدید به حفظ اکوسیستم‌های دریایی، ارزیابی علمی کمی در خصوص ایجاد یک ناحیه موفق ام.پی.ای وجود دارد. با وجود اینکه انتظار می‌رود در پنج سال آینده موج جدیدی برای ایجاد ام.پی.ای ها در مناطق اقیانوسی با عمق زیاد به وجود آید، دانشمندان هنوز به دنبال آن هستند تا دریابند چگونه عواملی مانند اندازه و محل یک ناحیه حفاظت شده، می‌تواند در موفقیت یا شکست آن تاثیرگذار باشد.
تاندی آگاردی، مسول یک شرکت مشاوره زیست‌محیطی در ماساچوست می‌گوید: «من تنها تعداد انگشت‌شماری از مناطق حفاظت شده را می‌توانم نام ببرم که آن‌طور که باید در برابر نابودی تنوع زیستی عمل می‌کنند.» وی در مقاله‌ای که اخیرا منتشر کرده، پنج کمبود احتمالی مربوط به ام.پی.ای ها را برشمرده است: بسیاری از آنها کوچک‌تر از آن هستند تا کارآمد باشند، برخی تنها باعث انتقال ماهیگیری را به مناطق دیگر شده‌اند، در برخی مناطق حفاظت تنها به صورت صوری انجام می‌شود، بعضی از آنها دارای مدیریت یا طراحی ضعیفی هستند، و برخی از این مناطق تنها به دلیل تخریب زیست‌محیطی آب در نواحی خارج از منطقه حفاظت شده شکست می‌خورند.
فدریک واندرپره، متخصص زیست‌شناسی دریایی در دانشگاه آزور می‌گوید: «ما برای اینکه بفهمیم ام.پی.ای ها دقیقا چطور عمل می‌کنند، هنوز به دانش بیشتری نیاز داریم.» نتایج مطالعات اخیر نشان می‌دهد که حتی در برخی از موارد، ام.پی.ای ها تنها باعث سود بردن ماهی‌گیرها در آب‌های مجاور آنها شده‌اند. واندرپره می‌گوید: «هر ام.پی.ای به طراحی خاص خود نیاز دارد. مثلا مناطقی که صرفا برای جلوگیری از ماهیگیری بنا می‌شوند، باید منطقه گسترده‌ای را تحت پوشش قرار دهند.»
آب‌های بین‌المللی
موفقیت یک ام.پی.ای می‌تواند به عوامل مختلفی مانند اندازه، محل، استراتژی مدیریت، بازرسی محل و نزدیکی آن به سایر مناطق حفاظت شده بستگی داشته باشد.
یافتن بهترین راه برای ایجاد ام.پی.ای ها مهم‌ترین مساله است. در گردهمایی بین‌المللی توسعه پایدار سال 2002 / 1381، یک توافق بین‌المللی برای ایجاد یک شبکه گسترده از مناطق حفاظت شده در سرتاسر دنیا تا سال 2012 / 1391 انجام شد. این کار مستلزم ایجاد ام.پی.ای های بیشتری در خارج از محدوده آب‌های ساحلی و در آب‌های آزاد بین‌المللی است.
اطلاعات اندکی درباره نحوه عملکرد این مناطق وجود دارد. الکس راجرز، بوم‌شناس دانشگاه آکسفورد انگلستان می‌گوید: «ما تقریبا هیچ تجربه‌ای درباره تاثیر نواحی حفاظت شده بر اکوسیستم آب‌های آزاد نداریم. ما واقعا نمی‌دانیم این مناطق را کجا باید ایجاد کنیم. شاید با ایجاد این نواحی در مناطقی که برای گونه‌های مختلف از حساسیت ویژه‌ای برخوردار است بتوان یک مزیت مدیریتی موثر را به دست آورد، اما تا آن روز هنوز زمان زیادی باقی مانده است.»